在不知情的情况下注册了侵权的淘宝店，我应该

首先，您应积极协商解决此侵权问题。若协商无果，可根据《商标法》向人民法院起诉，或请求工商行政管理部门处理。未及时处理可能导致侵权范围扩大，面临更大法律责任。
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对此类侵权，常见处理方式有协商、起诉或请求工商部门介入。建议先尝试与对方协商，协商无果则考虑法律途径，如向法院起诉，以确保权益得到保护。
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不知情侵权需应对：1.立即停止侵权，下架相关商品。2.与权利人沟通，协商赔偿事宜。3.若协商不成，准备证据，依据《商标法》起诉维权。4.或向工商行政管理部门举报，请求处理。